Ngày 8 tháng 9 năm 2005 Yekhanurov được Tổng thống Viktor Yushchenko bổ nhiệm làm Quyền Thủ tướng, sau khi Tổng thống sa thải Nội các Bộ trưởng trước đó của Ukraine. Ông được kế nhiệm bởi Victor Yanukovich vào ngày 4 tháng 8 năm 2006. Việc ứng cử của Yekhanurov đã gây tranh cãi gay gắt trong quốc hội, đáng chú ý nhất là cựu Thủ tướng và đồng minh của Yushchenko Yulia Tymoshenko. Xác nhận của anh ta cần hai vòng bỏ phiếu; trong vòng đầu tiên vào ngày 20 tháng 9 năm 2005, Yekhanurov chỉ thiếu ba phiếu trong số 226 phiếu cần thiết để phê duyệt. Vào ngày 22 tháng 9 năm 2005, sau các cuộc đàm phán giữa Tổng thống Yushchenko và các nhóm đối lập, ông đã được 289 đại biểu trong số 339 dân biểu có mặt chấp thuận. Các CPU và SDPU (o) các phe phái bỏ phiếu trắng.

Yekhanurov được nhiều người coi là một nhà quản trị giàu kinh nghiệm, một người chăm sóc hơn là một chính trị gia. Giống như Yushchenko, ông là người ủng hộ tự do hóa kinh tế và tư nhân hóa, nhưng phản đối việc "tái tư nhân hóa" các công ty đã bán trước đây được cho là đã được tư nhân hóa bất hợp pháp dưới chính quyền của Tổng thống Leonid Kuchma.

Chính phủ Yekhanurov thua cuộc trong cuộc bỏ phiếu bất tín nhiệm vào ngày 10 tháng 1 năm 2006  nhưng vẫn nắm quyền cho đến cuộc bầu cử quốc hội hai tháng sau đó.

Sau khi các chính đảng đứng sau cuộc "Cách mạng Cam" ký một thỏa thuận liên minh (ngày 22 tháng 6 năm 2006), bà Yulia Tymoshenko sẽ được khôi phục làm Thủ tướng Ukraine sau gần ba tháng đàm phán và bất ổn chính trị.  Cuộc bầu cử Yulia Tymoshenko dự kiến ​​chỉ là hình thức nhưng các thành viên đối lập (Đảng các khu vực & Đảng Cộng sản Ukraine) đã chặn quốc hội từ thứ Năm, ngày 29 tháng 6 năm 2006  đến thứ Năm, ngày 6 tháng 7 năm 2006  vì họ cảm thấy họ không có đủ chủ tịch trong các ủy ban của quốc hội  Yekhanurov hoài nghi về chính phủ mới và ông muốn Đảng Các khu vực trở thành một phần của chính phủ mới  Ông cảm thấy điều đó sẽ tốt hơn cho sự ổn định của Ukraine.